La historia de Halo Reach comienza cuando Noble 6, miembro mas reciente a causa de que Thom-293 muere en la batalla de Sigma Octanus IV. Declarado KIA en septiembre de 2552 (Muerto en acción por sus siglas en Ingles) y ex miembro del equipo noble es remplazado por Noble 6. Éste se reúne con el equipo Noble.
El equipo Noble es llamado por el coronel Holland, diciéndoles que una fuerza insurgente ha atacado unos repetidores en Visegrad, inutilizándolos. Holland decide enviar al equipo Noble, ya que estos repetidores son de gran importancia. Al llegar, encuentran a unos nativos y le dicen que unas bestias se llevaron a su hijo. Más tarde, se encuentran con una antigua patrulla de la UNSC muerta y con símbolos de haber sido torturados. Investigando el lugar se encuentran con el hecho de que el Covenant está en Reach. Después de rescatar a un pelotón de marines perdidos, Noble se dirige a la estación de repetidores de Visegrad. Al entrar, noble 6 registra un cadáver de un anciano, y encuentra un modulo de datos y se lo entrega a Kat. En la misma sala Jorge encuentra a una joven nativa, cuando comienza a interrogarla, varias élites entran en la sala intentando eliminar a los spartans, pero éstos son repelidos.
El equipo se dirige a la Base Sword de ONI, ya que ésta es de suma importancia y no puede caer en manos covenant. 6 y Kat activan varias torretas defensivas y vuelven a la base, donde se reúnen con el demás equipo Noble, para asegurar la base y la destrucción de una corbeta covenant. Más tarde se reúnen con la doctora Halsey (creadora del proyecto SPARTAN-II) la que les dice que lo que encontraron en Visegrad es importante para la UNSC, Kat le da un modulo de datos a Halsey despues se van. Al anochecer (a las 26:30), Noble 6 y Jun van a una misión de infiltracion en territorio enemigo, tras eliminar a varios covenant, se encuentras con unos nativos traficantes de armas, que les ayudan a abrise paso hacia una denominada 'zona oscura', una zona donde no se tiene ninguna informacion al respecto. Jun y 6 descubren un ejército de grandes dimensiones covenant preparándose para luchar.
Al día siguiente, Kat, Jorge y Noble 6 enfrentan al Covenant en territorios áridos luchando y destruyendo varias torretas covenant. Más tarde 6 y Jorge aseguran una torre covenant para que una fragata de la UNSC la destruya en un intento de demostrar su poderío. Pero de manera inesperada un súper transporte covenant destruye la fragata convirtiéndose en un fracaso total, más tarde ya reunidos en la colina de zurdokc Kat tiene una brillante idea que consiste en colocar un motor desliespacial en forma de bomba improvisada en una corbeta covenant, y dirigirla hacia el super transporte covenant destruyendo ambas.
Con estos planes, el equipo Noble se dirige a una estación de lanzamiento del programa "Sabre" (nave de caza espacial),el equipo avanza por la playa hacia las instalaciones repeliendo fuerzas enemigas. Noble 6 y Jorge se montan en el sabre y se dirígen al espacio, lleno de naves Covenant y se adentran en la nave corbeta Covenant con el motor desliespacial. En la batalla, la fragata Sabana es destruida. Dentro de la corbeta,noble 6 neutraliza a los covenant del puente de la corbeta y cuando va de regreso el temporizador del motor desliespacial queda dañado y solo se puede activar a mano, por lo que Jorge decide sacrificarse y lanza a Noble 6 al espacio, ya que los sabres han sido destruidos. La bomba improvisada estalla en la corbeta llevándose con sigo al supertransporte. Entonces, Noble 6 cayendo al planeta, ve como varias decenas de supertransportes Covenant salen del híper-espacio, sumiendo al planeta en todo un caos.
Noble 6 cae cerca de la ciudad de Nueva Alexandria, ayudando a civiles a escapar en transportes espaciales y reuniendose con el equipo Noble. Esa misma noche Noble 6 con un Falcon(Transporte aéreo de la UNSC) sigue ayudando a los civiles a escapar. El equipo Noble se reúne, y reciben una llamada del coronel Holland en la que les comunican que tienen que volver a tomar la base sword. Entonces Jun ve que las naves covenant apostadas sobre la ciudad huyen rápidamente y la llamada se corta. Kat se percibe de que el nivel de radioactividad se dispara, y en ese momento un supertransporte dispara su super arma, un potente láser que destruye todo lo que se le oponga, cerca del edificio de la oni el equipo Noble, Tratando de llegar a un refugio subterraneo del mismo edificio, aparece un phantom con un elite general, que dispara a Kat y le da en la cabeza asesinándola al instante.
Holland informa a Noble que vuelva a la base de Sword a destruirla (ya que esta en manos del Covenant), pero Halsey (que se creía muerta) informa a Noble que se dirija a una base bajo tierra. Al llegar, tras rechazar a hordas de enemigos, Halsey le entrega a Cortana (IA), a Noble 6 quien elegio para llevarla a salvo al Pillar of Autumn (PoA), ella es la última esperanza de la humanidad. Jun se queda con Halsey para llevarla a salvo a la Base CASTLE, mientras Carter, Emile y Noble 6 se dirigen al Autumn.
En el camino en Pelican, Carter queda herido en el y les dice a Emile y 6 que distraera al Covenant y que se drigan al Autumn a salvo, ellos saltan del pelican. En el camino, Emile y 6 se encuentran a un Scarab al cual Carter se sacrifica en un intento de salvar a los dos spartans y estrella su pelican contra el Scarab. El Scarab es destruido y dejando el camino libre. Llegando cerca del Autumn, el capitan Keyes recibe a Cortana y, cuando Noble 6 iba a entrar al Pelican noble 6 pregunta a Emilie si está listo para salir de ahí pero Emilie se da cuenta de que un elite lo atacaba y lo repele con un disparo de escopeta y el elite cae mal herido a un lado de la cabina de un impulsor de masa para despejar el camino de el pelican de Keyes, pero un segundo elite ataca por la espalda a Emilie y atraviesa su cuerpo. Emilie muere, pero en un último esfuerzo se lleva consigo al élite. Noble 6 decide quedarse, destruyendo naves Covenant y haciendo que el Pillar of Autumn despege . Finalmente despega, pero sin Noble 6.
Noble 6, estando en Reach, tiene un último objetivo: Sobrevivir. Mientras oleadas y oleadas Covenant dañan a 6, él/ella (decisión del jugador) se quita el casco y es atacado por varios Elites, pero los repele, al final de la cinemática sale un Elite Zealot con una espada de luz listo para ejecutar a Noble 6 y es ahi donde la escena se corta. Algunos años después, se muestra el casco de 6 y una Reach reconstruida
